shRNA против siRNA
В процессе РНК-интерференции (РНКи) экспрессия гена-мишени подавляется с высокой специфичностью и селективностью. РНКи - это естественный процесс, в котором задействованы малая интерферирующая РНК (миРНК), короткая шпилечная РНК (кшРНК) и бифункциональная кшРНК. В настоящее время РНКи широко используется в качестве инструмента для персонализированной терапии рака. Применение РНКи в основном осуществляется с помощью химически синтезированных двухцепочечных siRNA и векторных молекул shRNA. Хотя эти две молекулы имеют схожие функциональные результаты, они различаются по своей структуре; таким образом, молекулярные механизмы действия, пути РНК и нецелевые эффекты этих двух молекул также различаются.
shRNA
shRNA представляет собой последовательность небольшой молекулы РНК, которая делает крутой поворот шпильки, который можно использовать для подавления экспрессии целевого гена во время РНКи. Экспрессия shRNA достигается вектором, который может быть вирусом или бактерией, или путем доставки плазмид. Они синтезируются в ядре клеток и транспортируются в цитоплазму для дальнейших процессов. Эти молекулы имеют сходные пути созревания miRNA; таким образом, синтез miRNA обеспечил основу для понимания синтеза shRNA. Либо РНК-полимераза II, либо III может транскрибировать shРНК через промоторы РНК-полимеразы II или III. Преимущество использования shRNA состоит в том, что они имеют относительно низкую скорость деградации и оборота. Недостатком является то, что ему нужен вектор выражения, что может вызвать некоторые проблемы с безопасностью.
миРНК
миРНК представляют собой двухцепочечные молекулы РНК, состоящие из 20-25 пар оснований в длину. Они используются для подавления генов путем подавления любого гена с комплементарной нуклеотидной последовательностью в пути РНКи. Нокдаун гена путем трансфекции siRNA часто оказывается безуспешным из-за временного эффекта; особенно в быстро делящихся клетках, и подавление не длится дольше. Чтобы решить эту проблему, siRNA модифицируют путем введения короткой шпилечной структуры. Эта модифицированная молекула известна как shRNA. shRNA должна быть преобразована в siRNA с помощью Dicer для продолжения своей нормальной функции.
В чем разница между shRNA и siRNA?
• В отличие от siRNA, shRNA имеет дополнительную шпилечную структуру. shRNA представляет собой модифицированную версию siRNA.
• shRNA требует вектора экспрессии, тогда как siRNA не требует.
• shRNA можно использовать для длительного нокдауна, в то время как siRNA можно использовать только для краткосрочного нокдауна генов.
• В отличие от генной супрессии siRNA, супрессия shRNA длится долго, и если она вставлена через соответствующий вирусный вектор, это может вызвать постоянный эффект сайленсинга генов.
• Дайсер необходим для преобразования shRNA обратно в молекулу siRNA для выполнения своих обычных функций.
