Ключевое различие между цисгенезом и внутригенезом состоит в том, что при цисгенезе гены вводятся без каких-либо изменений в последовательности ДНК, и гены имеют свой собственный промотор, интроны и последовательности терминаторов, тогда как во внутригенезе гены могут быть созданы с использованием генетических элементов из других растений. с одинаковым половым генофондом.
Трансгенез - это генетическая модификация растения-реципиента генами любого нерастительного организма или растения-донора, которое сексуально несовместимо с растением-реципиентом. Цисгенез и внутригенезис - две концепции, альтернативные трансгенезу. Оба имеют место между скрещивающимися видами. Цисгенез относится к генетической модификации растения-реципиента естественным геном из сексуально совместимого растения. С другой стороны, интрагенез позволяет использовать новые комбинации генов, созданные in vitro перестройками функциональных генетических элементов. Однако обе концепции основаны на использовании генов одного и того же вида или близкородственных видов, которые совместимы по половому признаку. Следовательно, внутригенезис и цисгенез идентичны генофонду, доступному для обычного разведения.