Ключевое различие между спариванием оснований Уотсона и Крика и Хугстина состоит в том, что спаривание оснований Уотсона и Крика является стандартным способом, описывающим образование пар оснований между пуринами и пиримидинами. Между тем, спаривание оснований Хугстина представляет собой альтернативный способ образования пар оснований, в котором пурин принимает другую конформацию по сравнению с пиримидином.
Нуклеотид состоит из трех компонентов: азотистого основания, пентозного сахара и фосфатной группы. В структуре ДНК и РНК участвуют пять различных азотистых оснований и два пентозных сахара. Когда эти нуклеотиды образуют нуклеотидную последовательность, комплементарные основания, пурины или пиримидины, образуют водородные связи между ними. Это называется спариванием оснований. Таким образом, пара оснований образуется путем соединения двух азотистых оснований водородными связями. Спаривание оснований Уотсона и Крика является классическим или стандартным подходом, а спаривание оснований Хугстина - альтернативным способом образования пар оснований.