Разница между микрочипом и секвенированием РНК

2024 Автор: Mildred Bawerman | [email protected]. Последнее изменение: 2023-12-16 08:42

Ключевое различие - микрочип против секвенирования РНК

Транскриптом представляет собой все содержимое РНК, присутствующей в клетке, включая мРНК, рРНК, тРНК, деградированную РНК и недеградированную РНК. Профилирование транскриптома - важный процесс для понимания сути клеток. Существует несколько продвинутых методов профилирования транскриптомов. Секвенирование микрочипов и РНК - это два типа технологий, разработанных для анализа транскриптома. Ключевое различие между микрочипом и секвенированием РНК заключается в том, что микроматрица основана на потенциале гибридизации предварительно разработанных меченых зондов с целевыми последовательностями кДНК, в то время как секвенирование РНК основано на прямом секвенировании цепей кДНК с помощью передовых методов секвенирования, таких как NGS. Микроматрица выполняется с предварительными знаниями о последовательностях, а секвенирование РНК выполняется без предварительных знаний о последовательностях.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные различия

2. Что такое микроматрица

3. Что такое секвенирование РНК

4. Параллельное сравнение - микромассив против секвенирования РНК

5. Резюме

Что такое микрочип?

Микроматрица - это надежный, надежный и высокопроизводительный метод, используемый учеными для профилирования транскриптома. Это самый популярный подход для анализа стенограммы. Это недорогой метод, который зависит от зондов гибридизации.

Методика начинается с извлечения мРНК из образца и построения библиотеки кДНК из общей РНК. Затем он смешивается с флуоресцентно меченными заранее разработанными зондами на твердой поверхности (точечная матрица). Комплементарные последовательности гибридизуются с мечеными зондами на микрочипе. Затем микроматрица промывается и просеивается, и изображение оценивается количественно. Собранные данные следует проанализировать, чтобы получить относительные профили экспрессии.

Предполагается, что интенсивность микроматричных зондов пропорциональна количеству транскриптов в образце. Однако точность метода зависит от разработанных зондов, предварительного знания последовательности и аффинности зондов для гибридизации. Следовательно, у технологии микрочипов есть ограничения. Техника микроматрицы не может быть выполнена с транскриптами с низким содержанием. Он не может дифференцировать изоформы и идентифицировать генетические варианты. Поскольку этот метод зависит от гибридизации зондов, некоторые проблемы, связанные с гибридизацией, такие как перекрестная гибридизация, неспецифическая гибридизация и т. Д., Возникают в технике микрочипов.

Рисунок 01: Микроматрица

Что такое секвенирование РНК?

Секвенирование РНК «дробовиком» (РНК-секвенирование) - это недавно разработанный метод секвенирования всего транскриптома. Это быстрый и высокопроизводительный метод профилирования транскриптомов. Он непосредственно количественно определяет экспрессию генов и приводит к глубокому исследованию транскриптома. Последовательность РНК не зависит от заранее разработанных зондов или предшествующего знания последовательностей. Таким образом, метод Seq РНК обладает высокой чувствительностью и способностью обнаруживать новые гены и генетические варианты.

Метод секвенирования РНК осуществляется в несколько этапов. Общая РНК клетки должна быть изолирована и фрагментирована. Затем, используя обратную транскриптазу, необходимо подготовить библиотеку кДНК. Каждую нить кДНК необходимо лигировать с помощью адаптеров. Затем лигированные фрагменты необходимо амплифицировать и очистить. Наконец, используя метод NGS, необходимо выполнить секвенирование кДНК.

Рисунок 02: Секвенирование РНК

В чем разница между секвенированием микрочипов и РНК?

Различать статью в середине перед таблицей

Микрочип против секвенирования РНК
Микроматрица - это надежный, надежный и высокопроизводительный метод.	Секвенирование РНК - точный и высокопроизводительный метод.
Стоимость
Это недорогой метод.	Это дорогой метод.
Анализ большого количества проб
Это облегчает одновременный анализ большого количества проб.	Это облегчает анализ большого количества образцов.
Анализ данных
Анализ данных сложен.	В этом методе создается больше данных; следовательно, процесс более сложный.
Предварительное знание последовательностей
Этот метод основан на гибридизационных пробах, поэтому требуется предварительное знание последовательностей.	Этот метод не зависит от предварительных знаний о последовательности.
Структурные вариации и новые гены
Этот метод не может обнаружить структурные вариации и новые гены.	Этот метод может обнаруживать структурные вариации, такие как слияние генов, альтернативный сплайсинг и новые гены.
Чувствительность
Он не может обнаружить различия в экспрессии изоформ, поэтому имеет ограниченную чувствительность.	Это имеет высокую чувствительность.
Результат
Это может привести только к относительным уровням экспрессии. Это не дает абсолютной количественной оценки экспрессии генов.	Он дает абсолютные и относительные уровни выражения.
Реанализ данных
Для повторного анализа необходимо выполнить повторный запуск.	Данные секвенирования можно повторно проанализировать.
Потребность в конкретном персонале и инфраструктуре
Специальная инфраструктура и персонал не требуются для микрочипа.	Специальная инфраструктура и персонал, необходимые для секвенирования РНК.
Технические неисправности
Техника микрочипов имеет технические проблемы, такие как перекрестная гибридизация, неспецифическая гибридизация, ограниченная скорость обнаружения отдельных зондов и т. Д.	Методика РНК-секвенирования позволяет избежать технических проблем, таких как перекрестная гибридизация, неспецифическая гибридизация, ограниченная скорость обнаружения отдельных зондов и т. Д.
Предубеждения
Это необъективный метод, поскольку он зависит от гибридизации.	Смещение низкое по сравнению с микрочипом.

Резюме - микроматрица против секвенирования РНК

Методы секвенирования микрочипов и РНК - это высокопроизводительные платформы, разработанные для профилирования транскриптомов. Оба метода дают результаты, которые сильно коррелируют с профилями экспрессии генов. Однако секвенирование РНК имеет преимущества перед микрочипом для анализа экспрессии генов. Секвенирование РНК - более чувствительный метод обнаружения транскриптов с низким содержанием, чем микрочип. Секвенирование РНК также позволяет различать изоформы и идентифицировать варианты генов. Тем не менее, микроматрица - это обычный выбор большинства исследователей, поскольку секвенирование РНК - это новый и дорогостоящий метод, связанный с проблемами хранения данных и сложным анализом данных.