Ключевое различие - микрочип против секвенирования РНК
Транскриптом представляет собой все содержимое РНК, присутствующей в клетке, включая мРНК, рРНК, тРНК, деградированную РНК и недеградированную РНК. Профилирование транскриптома - важный процесс для понимания сути клеток. Существует несколько продвинутых методов профилирования транскриптомов. Секвенирование микрочипов и РНК - это два типа технологий, разработанных для анализа транскриптома. Ключевое различие между микрочипом и секвенированием РНК заключается в том, что микроматрица основана на потенциале гибридизации предварительно разработанных меченых зондов с целевыми последовательностями кДНК, в то время как секвенирование РНК основано на прямом секвенировании цепей кДНК с помощью передовых методов секвенирования, таких как NGS. Микроматрица выполняется с предварительными знаниями о последовательностях, а секвенирование РНК выполняется без предварительных знаний о последовательностях.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные различия
2. Что такое микроматрица
3. Что такое секвенирование РНК
4. Параллельное сравнение - микромассив против секвенирования РНК
5. Резюме
Что такое микрочип?
Микроматрица - это надежный, надежный и высокопроизводительный метод, используемый учеными для профилирования транскриптома. Это самый популярный подход для анализа стенограммы. Это недорогой метод, который зависит от зондов гибридизации.
Методика начинается с извлечения мРНК из образца и построения библиотеки кДНК из общей РНК. Затем он смешивается с флуоресцентно меченными заранее разработанными зондами на твердой поверхности (точечная матрица). Комплементарные последовательности гибридизуются с мечеными зондами на микрочипе. Затем микроматрица промывается и просеивается, и изображение оценивается количественно. Собранные данные следует проанализировать, чтобы получить относительные профили экспрессии.
Предполагается, что интенсивность микроматричных зондов пропорциональна количеству транскриптов в образце. Однако точность метода зависит от разработанных зондов, предварительного знания последовательности и аффинности зондов для гибридизации. Следовательно, у технологии микрочипов есть ограничения. Техника микроматрицы не может быть выполнена с транскриптами с низким содержанием. Он не может дифференцировать изоформы и идентифицировать генетические варианты. Поскольку этот метод зависит от гибридизации зондов, некоторые проблемы, связанные с гибридизацией, такие как перекрестная гибридизация, неспецифическая гибридизация и т. Д., Возникают в технике микрочипов.
Рисунок 01: Микроматрица
Что такое секвенирование РНК?
Секвенирование РНК «дробовиком» (РНК-секвенирование) - это недавно разработанный метод секвенирования всего транскриптома. Это быстрый и высокопроизводительный метод профилирования транскриптомов. Он непосредственно количественно определяет экспрессию генов и приводит к глубокому исследованию транскриптома. Последовательность РНК не зависит от заранее разработанных зондов или предшествующего знания последовательностей. Таким образом, метод Seq РНК обладает высокой чувствительностью и способностью обнаруживать новые гены и генетические варианты.
Метод секвенирования РНК осуществляется в несколько этапов. Общая РНК клетки должна быть изолирована и фрагментирована. Затем, используя обратную транскриптазу, необходимо подготовить библиотеку кДНК. Каждую нить кДНК необходимо лигировать с помощью адаптеров. Затем лигированные фрагменты необходимо амплифицировать и очистить. Наконец, используя метод NGS, необходимо выполнить секвенирование кДНК.
Рисунок 02: Секвенирование РНК
В чем разница между секвенированием микрочипов и РНК?
Различать статью в середине перед таблицей
Микрочип против секвенирования РНК |
|
| Микроматрица - это надежный, надежный и высокопроизводительный метод. | Секвенирование РНК - точный и высокопроизводительный метод. |
| Стоимость | |
| Это недорогой метод. | Это дорогой метод. |
| Анализ большого количества проб | |
| Это облегчает одновременный анализ большого количества проб. | Это облегчает анализ большого количества образцов. |
| Анализ данных | |
| Анализ данных сложен. | В этом методе создается больше данных; следовательно, процесс более сложный. |
| Предварительное знание последовательностей | |
| Этот метод основан на гибридизационных пробах, поэтому требуется предварительное знание последовательностей. | Этот метод не зависит от предварительных знаний о последовательности. |
| Структурные вариации и новые гены | |
| Этот метод не может обнаружить структурные вариации и новые гены. | Этот метод может обнаруживать структурные вариации, такие как слияние генов, альтернативный сплайсинг и новые гены. |
| Чувствительность | |
| Он не может обнаружить различия в экспрессии изоформ, поэтому имеет ограниченную чувствительность. | Это имеет высокую чувствительность. |
| Результат | |
| Это может привести только к относительным уровням экспрессии. Это не дает абсолютной количественной оценки экспрессии генов. | Он дает абсолютные и относительные уровни выражения. |
| Реанализ данных | |
| Для повторного анализа необходимо выполнить повторный запуск. | Данные секвенирования можно повторно проанализировать. |
| Потребность в конкретном персонале и инфраструктуре | |
| Специальная инфраструктура и персонал не требуются для микрочипа. | Специальная инфраструктура и персонал, необходимые для секвенирования РНК. |
| Технические неисправности | |
| Техника микрочипов имеет технические проблемы, такие как перекрестная гибридизация, неспецифическая гибридизация, ограниченная скорость обнаружения отдельных зондов и т. Д. | Методика РНК-секвенирования позволяет избежать технических проблем, таких как перекрестная гибридизация, неспецифическая гибридизация, ограниченная скорость обнаружения отдельных зондов и т. Д. |
| Предубеждения | |
| Это необъективный метод, поскольку он зависит от гибридизации. | Смещение низкое по сравнению с микрочипом. |
Резюме - микроматрица против секвенирования РНК
Методы секвенирования микрочипов и РНК - это высокопроизводительные платформы, разработанные для профилирования транскриптомов. Оба метода дают результаты, которые сильно коррелируют с профилями экспрессии генов. Однако секвенирование РНК имеет преимущества перед микрочипом для анализа экспрессии генов. Секвенирование РНК - более чувствительный метод обнаружения транскриптов с низким содержанием, чем микрочип. Секвенирование РНК также позволяет различать изоформы и идентифицировать варианты генов. Тем не менее, микроматрица - это обычный выбор большинства исследователей, поскольку секвенирование РНК - это новый и дорогостоящий метод, связанный с проблемами хранения данных и сложным анализом данных.
