Ключевое различие - секвенирование экзома и РНК
Секвенирование нуклеиновых кислот - это метод, который определяет порядок нуклеотидов в конкретном фрагменте ДНК или РНК организма. Секвенирование важно для определения состава ДНК и РНК клетки и различения определенных генов, которые кодируют функциональные белки; таким образом, секвенирование может быть использовано для понимания мутаций этих генов и экспрессии генов. Метод секвенирования по Сэнгеру или более совершенные методы секвенирования следующего поколения - это обычно используемые методы секвенирования. Секвенирование экзома - это секвенирование полного набора экзонов или кодирующих участков ДНК, присутствующих в организме, тогда как секвенирование РНК - это процедура секвенирования рибонуклеиновых кислот (РНК). Это ключевое различие между секвенированием экзома и РНК.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные различия
2. Что такое секвенирование экзома
3. Что такое секвенирование РНК
4. Сходства между секвенированием экзома и РНК
5. Сравнение бок о бок - секвенирование экзома и РНК в табличной форме
6. Резюме
Что такое секвенирование экзома?
Экзом - это часть генома, состоящая из кодирующих генов определенного организма. Кодирующие гены называются экзонами и транскрибируются в мРНК, а затем транслируются в аминокислотные последовательности. Во время посттранскрипционных модификаций механизм сплайсинга РНК у эукариот удаляет интроны (некодирующие области), а экзоны остаются. Существует два основных метода секвенирования экзома: на основе раствора и на основе массива.
При секвенировании экзома на основе раствора образцы ДНК фрагментируются с использованием рестрикционных ферментов или механического метода и денатурируются под действием тепла. В этом методе биотинилированные олигонуклеотидные зонды (приманки) используются для селективной гибридизации с целевыми областями в геноме. На стадии связывания используются магнитные стрептавидиновые шарики. За связыванием следует стадия отмывки, на которой смываются несвязанные и нецелевые последовательности. Связанные мишени затем амплифицируют с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР), а затем секвенируют с использованием методов секвенирования по Сэнгеру или секвенирования следующего поколения.
Рисунок 01: Секвенирование экзома
Метод на основе массива также похож на метод на основе раствора, за исключением того, что фрагменты ДНК захватываются в микромассив, а затем следуют этапы связывания и промывки перед секвенированием.
Секвенирование экзома используется во многих приложениях, таких как генетическая диагностика заболеваний, в генной терапии, в идентификации новых генетических маркеров, в сельском хозяйстве для определения различных полезных агрономических признаков и в процедурах селекции растений.
Что такое секвенирование РНК?
Секвенирование РНК основано на транскриптоме, который представляет собой полные транскрипты клетки. Ключевые цели секвенирования РНК - каталогизировать все виды транскрипта, включая мРНК, некодирующую РНК и малую РНК, для определения транскрипционной структуры генов и количественной оценки уровней экспрессии каждого транскрипта во время развития. Во время секвенирования РНК первоначально для секвенирования использовались технологии гибридизации (которые представляли собой комплементарную ДНК, полученную из последовательностей зрелой мРНК). В настоящее время для секвенирования РНК используется более точная и продвинутая сквозная техника.
Рисунок 02: Секвенирование РНК
При секвенировании РНК образец РНК, которая может представлять собой полную РНК или фракционированную РНК, преобразуется в ее комплементарную ДНК (кДНК) с использованием обратной транскрипции, и готовится библиотека кДНК. Каждый фрагмент кДНК прикреплен к адаптерам с обеих сторон (парное секвенирование) или с одной стороны (одностороннее секвенирование). Эти помеченные последовательности секвенируются с использованием секвенирования по Сэнгеру или следующего поколения, например секвенирования экзома.
Каковы сходства между экзомом и секвенированием РНК?
- Отобранные короткие фрагменты или весь набор ДНК / РНК можно использовать для секвенирования экзома или РНК.
- Секвенированные фрагменты хранятся в библиотеках.
- Можно использовать секвенирование по Сэнгеру или секвенирование следующего поколения.
- Оба являются методами секвенирования in vitro.
- Секвенированные фрагменты можно определить по флуоресцентным меткам.
В чем разница между секвенированием экзома и РНК?
Различать статью в середине перед таблицей
Экзом против секвенирования РНК |
|
| Секвенирование экзома - это секвенирование полного набора экзонов или кодирующих участков ДНК, присутствующих в организме. | Секвенирование РНК относится к процедуре секвенирования рибонуклеиновых кислот (РНК); транскриптом. |
| Начальный образец | |
| Геномная ДНК - это стартовый образец секвенирования экзома. | РНК - это стартовый образец секвенирования РНК. |
| Сочинение | |
| Он содержит только кодирующие области общей ДНК, известные как экзоны. | Он содержит РНК-мРНК / транскриптом. |
| Последовательность действий | |
| Существует два основных метода секвенирования экзома; технологии на основе решений и массивов. | Секвенирование РНК осуществляется путем подготовки библиотеки кДНК путем извлечения полной или фрагментированной РНК. |
Резюме - Экзом против секвенирования РНК
Экзом - это полный набор кодирующих областей организма, а методы, используемые для определения точного порядка нуклеотидов экзома, известны как секвенирование экзома. Секвенирование РНК - это метод определения порядка нуклеотидов в РНК организма. В этом разница между секвенированием экзома и РНК.
Скачать PDF-версию исследования Exome vs RNA Sequencing
Вы можете загрузить PDF-версию этой статьи и использовать ее в автономных целях в соответствии с примечанием к цитированию. Пожалуйста, скачайте PDF-версию здесь Разница между секвенированием экзома и РНК
