Ключевое различие - праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования
С последними достижениями в области молекулярной биологии были разработаны различные генетические методы, которые сделали процессы исследования различных направлений предмета легкими и точными. ПЦР и другие процедуры секвенирования - два важных таких метода. Они используют разные подкомпоненты. Праймеры считаются основным субкомпонентом, общим для методов ПЦР и секвенирования. Праймеры ПЦР используются для амплификации конкретной последовательности ДНК, в то время как праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфического порядка в нуклеотидной последовательности. Это ключевое различие между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные различия
2. Что такое праймеры для ПЦР
3. Что такое праймеры для секвенирования
4. Сходства между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования
5. Сравнение бок о бок - праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования в табличной форме
6. Резюме
Что такое праймеры для ПЦР?
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - это генетический метод, который используется в области молекулярной биологии для амплификации одной или нескольких копий определенного сегмента ДНК и получения многих миллионов идентичных копий. В реакции ПЦР используются разные компоненты, включая праймеры. Праймеры представляют собой короткие цепи ДНК с длиной нуклеотидов 18-25, что делает их совместимыми с начальной и конечной областями фрагментов ДНК, которые необходимо амплифицировать. Праймеры могут быть прямой грунтовкой и обратной грунтовкой. Эти праймеры связываются с фрагментом ДНК в определенных точках, где он заставляет ДНК-полимеразу связываться с конкретным праймером в этом месте и инициировать синтез новой цепи ДНК.
Выбор праймеров - важный аспект процесса ПЦР. Выбор длины грунтовки важен. Идеальная длина - 18-25 нуклеотидов. Если длина слишком короткая или слишком большая, праймеры не будут связываться с последовательностью ДНК для точной амплификации. Слишком короткие по длине праймеры приводят к неспецифическому отжигу праймеров в разных местах последовательности ДНК.
Рисунок 01: Праймеры для ПЦР
Содержание гуанина и цитозина (GC) в хорошем праймере должно быть в пределах 40-60. Температура отжига праймера и температура плавления являются важными факторами во время ПЦР. Температура плавления должна быть рассчитана точно, а температура отжига праймера должна быть не менее 5 0 С ниже, чем температура плавления. Температура плавления должна составлять 60 ° C и 75 ° C. Слишком высокая или слишком низкая температура приведет к снижению активности ДНК-полимеразы.
Что такое праймеры для секвенирования?
Праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности. Для получения хороших результатов секвенирования важны праймеры и шаблоны высокого качества. Таким образом, при выборе праймеров они должны быть уникальными для конкретной области, в которой мы хотим секвенировать. Он также должен быть с правильной ориентацией, когда последовательности обычно образуются от 3 'до 5' концов праймеров. В последовательности не должно быть нежелательной самогибридизации, такой как образование шпилечных петель. Он не должен содержать последовательного образования гуаниновых оснований.
Температура плавления (Tm) праймера должна соответствовать условиям секвенирования. Следовательно, она должна находиться в диапазоне от 52 o C до 74 o C. Подготовка олигонуклеотидов для использования в качестве праймера должна быть очищена для получения желаемой полной длины последовательности. Если олигонуклеотиды содержат примеси, передача сигналов последовательности праймера будет наложена с разных сайтов праймирования, и это также уменьшит количество основных клеток.
Рисунок 02: Праймеры для секвенирования
Температура плавления праймера (Tm) олигонуклеотида определяет, насколько сильно комплементарные цепи ДНК гибридизуются друг с другом. Tm можно рассматривать как термодинамический расчет, где он зависит как от последовательностей ДНК, так и от нескольких условий, таких как концентрация соли. Tm важен во время ПЦР, где для получения группы фрагментов с дидезоксинуклеотидным концом используется вариант, называемый циклическим секвенированием. Здесь праймер, который секвенирован, сначала будет альтернативно отожжен, затем удлинен и, наконец, денатурирован для амплификации. Таким образом, значение Тт должно быть между 52 ø C и 74 øC. Синтезированные олигонуклеотиды могут быть получены в лабораториях синтеза ДНК / РНК по выбору. Небольшой масштаб синтеза, который используется для секвенирования ДНК, обычно составляет 50 нмоль. Также, что наиболее важно, праймеры, используемые для секвенирования, должны быть очищены от примесей, которые предотвратят снижение качества.
Каковы сходства между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования?
- И праймеры для ПЦР, и праймеры для секвенирования представляют собой праймеры, которые используются в процессе амплификации целевой последовательности ДНК.
- И праймеры для ПЦР, и праймеры для секвенирования состоят из нуклеотидов.
- И праймеры для ПЦР, и праймеры для секвенирования представляют собой короткие олигомеры.
В чем разница между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования?
Различать статью в середине перед таблицей
Праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования |
|
| Праймеры для ПЦР представляют собой короткие цепи ДНК с длиной нуклеотидной последовательности 18-25, что делает их совместимыми с начальной и конечной областями фрагментов ДНК, которые должны быть амплифицированы. | Праймеры для секвенирования - это короткие олигомеры, которые используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности. |
| Функция | |
| Праймеры ПЦР используются для амплификации конкретной последовательности ДНК. | Праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности. |
| Количество необходимых праймеров | |
| Две грунтовки; один прямой праймер и один обратный праймер используются в качестве праймеров для ПЦР. | Требуется только один праймер в качестве праймера для секвенирования. |
Резюме: праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования
Праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности. Для запуска процесса будет достаточно одного праймера для секвенирования. Для получения хороших результатов секвенирования важны высококачественные праймеры и матрицы. Таким образом, при выборе праймеров они должны быть уникальными для конкретной области, в которой мы хотим секвенировать. Праймеры для ПЦР представляют собой короткие цепи ДНК с длиной нуклеотидов 18-25, которые совместимы с начальной и конечной областями фрагментов ДНК, которые должны быть амплифицированы. Праймеры для ПЦР могут быть прямым праймером и обратным праймером. Содержание гуанина и цитозина (GC) в хорошем праймере должно быть в пределах 40-60. Температура отжига праймера и температура плавления являются важными аспектами во время ПЦР. В этом разница между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования.
