Ключевое различие между мезенхимой и эктомезенхимой зависит от типа содержащихся в них клеток. Мезенхима содержит рыхлые клетки, которые легко мигрируют с образованием основной ткани коллагена, а также костной и хрящевой ткани, в то время как эктомезенхима содержит клетки нервного гребня и формирует ткани шеи и черепа.
И мезенхима, и эктомезенхима присутствуют на эмбриональной стадии. Развитие мезенхимы и эктомезенхимы важно для изучения развития различных тканей, которые возникают из этих клеток.