Ключевое различие - перевод ников и расширение праймера
Трансляция ников и удлинение праймеров - два важных метода, применяемых в молекулярной биологии. Ключевое различие между ник-трансляцией и удлинением праймера заключается в том, что процесс ник-трансляции производит меченые зонды для других методов гибридизации, в то время как метод удлинения праймера идентифицирует конкретную последовательность РНК из смеси и раскрывает информацию об экспрессии мРНК. Оба метода имеют большое значение и обычно выполняются в лабораториях молекулярных исследований.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое Nick Translation
3. Что такое Primer Extension
4. Параллельное сравнение - Nick Translation vs Primer Extension
5. Резюме
Что такое Nick Translation?
Ник-трансляция - важный метод, используемый для приготовления меченых зондов для различных молекулярно-биологических методов, таких как блоттинг, гибридизация in situ, флуоресцентная гибридизация in situ и т. Д. Это метод мечения ДНК in vitro. ДНК-зонды используются для идентификации конкретных последовательностей ДНК или РНК. С помощью меченого зонда можно маркировать или визуализировать определенные фрагменты из сложной смеси нуклеиновых кислот. Таким образом, меченые зонды получают с использованием различных методик, которые используются для разных методик. Ник-трансляция - один из таких методов, который позволяет получать меченые зонды с помощью ферментов ДНКазы 1 и ДНК-полимеразы 1.
Процесс трансляции ник начинается с активности фермента ДНКазы 1. ДНКаза 1 вводит разрывы в фосфатный остов двухцепочечной ДНК, расщепляя фосфодиэфирные связи между нуклеотидами. Как только разрыв будет создан, будет образована свободная 3 'ОН-группа нуклеотида, и фермент ДНК-полимераза 1 будет действовать на нее. Экзонуклеазная активность 5 '- 3' ДНК-полимеразы 1 удаляет нуклеотиды от разрыва в направлении 3 'цепи ДНК. Одновременно с этим работает полимеразная активность фермента ДНК-полимеразы 1 и добавляет нуклеотиды для замены удаленных нуклеотидов. Если нуклеотиды были помечены, замена произойдет мечеными нуклеотидами, и это пометит ДНК для идентификации. Эта недавно синтезированная меченая ДНК может использоваться в качестве зондов в различных реакциях гибридизации в молекулярной биологии.
Рисунок 01: Процесс перевода ников
Что такое Primer Extension?
Удлинение праймера - это метод, который используется для поиска конкретной последовательности РНК из смеси РНК и определения местоположения 5'-конца транскрипта мРНК. Он также используется для изучения структуры РНК и экспрессии. Метод удлинения праймеров осуществляется с использованием меченых праймеров или меченых нуклеотидов. Если используются меченые праймеры, это исключает необходимость мечения нуклеотидов, которые используются для синтеза кДНК. Эта техника состоит из нескольких шагов. Он начинается с извлечения РНК из образца. Затем к смеси добавляют меченый олигонуклеотидный праймер вместе с необходимыми ингредиентами для синтеза кДНК определенной последовательности РНК. Праймер отжигается с комплементарной последовательностью из смеси. Используя отожженную последовательность праймеров в качестве матрицы,фермент обратная транскриптаза синтезирует комплементарную ДНК (кДНК) последовательности РНК. Отжиг праймеров и обратная транскрипция происходят только тогда, когда в образце присутствует конкретная последовательность РНК. Наконец, когда проводят денатурирующий гель-электрофорез, можно определить размер последовательности РНК. Также легко найти +1 основание последовательности мРНК (сайт инициации транскрипции) методом удлинения праймера. Количество мРНК, присутствующей в образце, можно количественно определить этим методом, если используется избыток праймера. Также легко найти +1 основание последовательности мРНК (сайт инициации транскрипции) методом удлинения праймера. Количество мРНК, присутствующей в образце, можно количественно определить этим методом, если используется избыток праймера. Также легко найти +1 основание последовательности мРНК (сайт инициации транскрипции) методом удлинения праймера. Количество мРНК, присутствующей в образце, можно количественно определить этим методом, если используется избыток праймера.
Рисунок 02: Удлинение праймера
В чем разница между Nick Translation и Primer Extension?
Различать статью в середине перед таблицей
Перевод ников против расширения праймера |
|
| Ник-трансляция - это процесс создания меченых ДНК-зондов для различных реакций гибридизации. | Удлинение праймера - это метод, используемый для поиска конкретной РНК или изучения экспрессии генов. |
| Используемые ферменты | |
| Используются ферменты ДНКаза 1 и ДНК-полимераза. | Используется фермент обратной транскриптазы. |
| Важность | |
| Ник-трансляция облегчает маркировку конкретной последовательности ДНК. | Удлинение праймера позволяет определять размер последовательности мРНК и количество, присутствующее в образце. |
Резюме - Nick Translation vs Primer Extension
Ник-трансляция - это метод, используемый для синтеза меченых зондов на основе активности ферментов ДНКазы 1 и ДНК-полимеразы 1 E. coli. Это метод in vitro, используемый в лабораториях перед различными методами гибридизации. Во время ник-трансляции 5'-3'-экзонуклеазная активность ДНК-полимеразы 1 удаляет нуклеотиды, опережая ник, а полимеразная активность ДНК-полимеразы 1 заменяет удаленные нуклеотиды мечеными нуклеотидами за ником. Удлинение праймера - это метод, который используется для обнаружения конкретного транскрипта РНК из смеси и количественного определения размера и количества представляющей интерес РНК. В этом разница между переводом ников и расширением праймера.
