Ключевое различие - лигирование тупых концов и липких концов
Эндонуклеазы рестрикции - это специфические ферменты, которые разрезают двухцепочечную ДНК (дцДНК). В молекулярной биологии они также известны как молекулярные ножницы. Рестрикционные ферменты способны распознавать конкретные короткие последовательности дцДНК, известные как сайты узнавания, и расщеплять фосфодиэфирные и водородные связи, открывая двойные цепи. В результате расщепления этими ферментами образуются фрагменты ДНК с разными типами концов, такими как липкие и тупые концы. ДНК-лигаза - это фермент, используемый в молекулярной биологии для соединения двух соседних цепей ДНК путем образования новых связей. Этап известен как лигирование, и в зависимости от типа лигированного конца ДНК его можно назвать лигированием тупого конца и лигированием липкого конца. Ключевое различие между лигированием тупых концов и липких концов заключается в том, что лигирование тупых концов происходит между фрагментами ДНК, которые содержат два тупых конца, тогда как лигирование липких концов происходит между 5 'и 3' выступами. По сравнению с лигированием тупых концов, лигирование липких концов более эффективно и стабильно.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные различия
2. Что такое лигирование тупых концов
3. Что такое лигирование липких концов
4. Сравнение бок о бок - лигирование тупых концов и липких концов
5. Резюме
Что такое перевязка тупого конца?
Некоторые эндонуклеазы рестрикции могут разрезать ДНК по противоположным основаниям и производить фрагменты ДНК с тупым концом. Эти ферменты известны как резаки с тупым концом; они расщепляются прямо до середины сайта рестрикции, не оставляя одноцепочечных выступающих оснований. Тупые концы также известны как не свисающие концы, поскольку они не имеют выступающих оснований на концах 3 'и 5'. Обе нити оканчиваются тупыми концами от пар оснований. Распространенными ферментами, режущими тупой конец, являются EcoRV HaeIII, AluI и SmaI.
Перевязка тупых концов осуществляется между двумя тупыми концами. Это не перевязка выступающих оснований. Эта перевязка менее эффективна, чем перевязка липких концов. Однако в некоторых случаях лигирование тупых концов становится более выгодным, чем лигирование липких концов, особенно при лигировании продуктов ПЦР. Продукты ПЦР всегда производятся с тупыми концами. Лигирование тупых концов не требует дополнительных концов в ДНК для лигирования.
Рисунок 01: Производство тупых концов ферментом Eco RV
Что такое перевязка липкого конца?
Некоторые эндонуклеазы рестрикции способны разрезать дцДНК, оставляя на конце выступающий кусок одноцепочечной ДНК. Эти концы известны как липкие или свисающие концы. Лигирование липких концов происходит между двумя фрагментами ДНК, которые содержат совпадающие выступы, потому что липкие концы имеют непарные основания и требуют дополнительных оснований для образования связей. Следовательно, необходимо использовать один и тот же рестрикционный фермент для обоих источников ДНК для получения соответствующих лигирующих фрагментов.
Лигирование липких концов более эффективно и часто очень желательно в процессах клонирования. Есть несколько рестрикционных ферментов, которые образуют липкие концы. Это EcoRI, BamHI, HindIII и др.
Рисунок 02: Производство липких концов ферментом Eco RI
В чем разница между тупой и липкой перевязкой?
Различать статью в середине перед таблицей
Перевязка тупых концов и липких концов |
|
| Лигирование с тупым концом происходит между двумя фрагментами ДНК с тупым концом. | Лигирование липких концов происходит между двумя совпадающими фрагментами ДНК с липкими концами. |
| Ферменты | |
| Фрезы с тупым концом дают тупые концы. | Фрезы с липким концом дают липкие или липкие концы. |
| Требование соответствия концов | |
| Не требует совпадающих фрагментов или дополнительных оснований. | Для образования пар оснований требуются дополнительные основания на концах. |
| Эффективность | |
| Это менее эффективно, чем перевязка липких концов | Это более эффективно, чем лигирование тупых концов. |
Резюме - лигирование тупых концов и липких концов
Эндонуклеазы рестрикции способны расщеплять дцДНК и производить фрагменты ДНК с разными концами. Они распознают определенные последовательности и ограничивают ДНК, создавая липкие и тупые концы. Липкие концы имеют на концах фрагментов непарные основания. Тупые концы образуются из-за прямого расщепления, и на концах у них есть пары оснований. Для лигирования липких концов требуются две комплементарные одноцепочечные части ДНК. Перевязка тупых концов происходит между любыми двумя фрагментами тупых концов. В этом разница между тупой и липкой перевязкой.
