Ключевое различие между митохондриями и кинетопластом заключается в том, что митохондрии представляют собой органеллы эукариотических клеток, производящие энергию (АТФ). Между тем кинетопласт - это сеть кольцевых ДНК, присутствующих внутри большой митохондрии, в частности, у простейших класса Kinetoplastea.
Эукариотические клетки имеют разные типы клеточных органелл. Эти разные органеллы выполняют разные функции в живой клетке. Из них митохондрии являются одной из мембраносвязанных органелл, наблюдаемых в эукариотической клетке. Это органеллы, отвечающие за выработку энергии (в форме АТФ) в клетках. Следовательно, они считаются электростанциями клетки. Митохондрии имеют собственный геном, представляющий собой кольцевую ДНК, наследуемую по материнской линии. Кинетопласт - это сеть кольцевых ДНК, наблюдаемая в больших митохондриях организмов, принадлежащих к классу Kinetoplastida. Следовательно, кинетопласты видны только в этом субдомене эукариот.