Ключевое различие между UTR и интроном состоит в том, что UTR представляет собой некодирующую нуклеотидную последовательность, которая включена в последовательность зрелой мРНК, тогда как интрон представляет собой последовательность, которая не входит в молекулу зрелой мРНК.
UTR или нетранслируемая область представляет собой некодирующую последовательность, которая находится в молекуле мРНК. На каждой стороне последовательности мРНК мы видим по одной UTR. Следовательно, существует два UTR как 5'UTR и 3'UTR. Напротив, интрон - это некодирующая последовательность, которая находится между экзонами гена. При создании мРНК интроны отщепляются. Следовательно, интроны не видны в последовательности мРНК. Однако как UTR, так и интрон являются важными элементами геномов эукариот.