Ключевое различие - SYBR Green против Taqman
SYBR Green и Taqman - это два метода, используемых для обнаружения или отслеживания процесса амплификации ПЦР в реальном времени. SYBR Green - это метод, основанный на интеркалировании красителя, окрашивающего нуклеиновую кислоту, в то время как Taqman - это метод, основанный на гидролизном зонде. Обе технологии предназначены для генерации флуоресценции во время ПЦР, что позволяет аппарату для ПЦР в реальном времени отслеживать реакцию в «реальном времени». Метод SYBR Green осуществляется с использованием флуоресцентного красителя SYBR green и определяет амплификацию путем связывания красителя с полученной двухцепочечной ДНК. Taqman проводится с использованием зондов с двойной меткой и определяет амплификацию по деградации зонда полимеразой Taq и высвобождению флуорофора. Это ключевое различие между SYBR Green и Taqman.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое SYBR Green
3. Что такое Taqman
4. Сравнение бок о бок - SYBR Green и Taqman
5. Резюме
Что такое SYBR Green?
SYBR Green - это флуоресцентный краситель, используемый для окрашивания нуклеиновых кислот, особенно двухцепочечной ДНК в молекулярной биологии. Метод SYBR Green используется для количественного определения продуктов ПЦР во время ПЦР в реальном времени. После связывания с ДНК образующийся комплекс ДНК-краситель поглощает синий свет и излучает интенсивный зеленый свет. Это происходит из-за структурного изменения, которое происходит в молекуле красителя при связывании с двухцепочечной ДНК. Когда ПЦР создает все больше и больше ДНК, все больше молекул красителя связывается с ДНК, вызывая большую флуоресценцию. Следовательно, флуоресценция увеличивается по мере накопления продукта ПЦР. Следовательно, количество продукта ПЦР можно количественно измерить с помощью детектора флуоресценции SYBR Green.
Зеленый краситель SYBR также можно использовать для мечения ДНК в цитометрии и флуоресцентной микроскопии. Бромид этидия был успешно заменен на SYBR Green, поскольку бромид этидия является канцерогенным красителем, с проблемами утилизации которого при визуализации ДНК в гель-электрофорезе.
Есть преимущества и недостатки зеленого метода SYBR. Этот метод очень чувствительный, недорогой и простой в использовании. Однако из-за его способности связываться с любой двухцепочечной ДНК неспецифическое связывание может привести к завышению количественного определения продукта ПЦР.
Рисунок 01: Техника SYBR Green
Что такое Такман?
Taqman - это альтернативный метод SYBR Green для мониторинга процесса ПЦР в реальном времени. Этот метод зависит от 5 '- 3' экзонуклеазной активности фермента полимеразы Taq, которая разрушает зонды во время удлинения новой цепи и высвобождения флуорофора. В этом методе используются зонды с двойной меткой, и он основан на гидролизе зондов. Зонды представляют собой флуоресцентно меченные олигонуклеотиды ДНК, имеющие флуоресцентную репортерную молекулу (флуорофор) на 5'-конце и молекулу-гаситель на 3'-конце. Они предназначены для связывания с одноцепочечным шаблоном на противоположной стороне отжигов праймеров. Полимераза Taq добавляет нуклеотиды к праймеру и удлиняет новую цепь по направлению к зондам с двойной меткой. Как только полимераза Taq встречается с зондом, экзонуклеазное действие полимеразы Taq активирует и разрушает зонд. После завершения синтеза новой цепи зонд подвергается полной деградации и высвобождает флуорофор. Высвобождение флуорофора вызывает флуоресценцию. Молекула флуоресцентного гасителя эффективно гасит излучаемый свет и создает выходной сигнал для количественной оценки продукта ПЦР. Высвобождение флуорофоров и количество продуктов ПЦР пропорциональны. Следовательно, количественная оценка может быть легко проведена методом Такмана.количественную оценку легко выполнить с помощью метода Такмана.количественную оценку легко выполнить с помощью метода Такмана.
Рисунок 02: Метод Такмана
Метод Такмана используется в ПЦР в реальном времени, количественной оценке экспрессии генов, обнаружении генетических полиморфизмов, количественной оценке делеций хромосомной ДНК, идентификации бактерий, проверке анализа микрочипов, генотипировании SNP и т. Д.
В чем разница между SYBR green и Taqman?
Различать статью в середине перед таблицей
SYBR Green против Такмана |
|
| SYBR Green создан на основе ДНК-связывающего красителя. | Taqman зависит от гибридизационных зондов и экзонуклеазной активности Taq-полимеразы от 5 'до 3'. |
| Зонды с флуоресцентной меткой | |
| Никаких флуоресцентно меченых зондов не требуется. | Требуются зонды с двойной меткой. |
| Мультиплексный генный анализ | |
| Его нельзя использовать для множественных генных мишеней. | Его можно использовать для множественных генных мишеней. |
| Стоимость | |
| Это дешевле. | Это дороже. |
| Специфика | |
| Это менее специфично и связывается с любой двухцепочечной ДНК. | Они очень специфичны, поскольку зонды обнаруживают конкретные продукты амплификации. |
| Эффективность | |
| Это менее эффективно. | Это очень эффективно. |
| заявка | |
| Это используется в ПЦР в реальном времени, визуализации геля агарозы, маркировке ДНК и т. Д. | Это используется в ПЦР в реальном времени, количественной оценке экспрессии генов, обнаружении генетических полиморфизмов и т. Д. |
Резюме - SYBR Green и Taqman
Taqman и SYBR green - это два метода, используемых в ПЦР в реальном времени (количественная ПЦР). Оба метода позволяют эффективно количественно оценить продукт ПЦР и полагаются на испускание флуоресценции. В методе Такмана используются зонды с двойной меткой для обнаружения накопленной ДНК, а в методе SYBR Green используется флуоресцентный краситель. Оба эти метода также имеют разные приложения в молекулярной биологии.
