Ключевое различие - RAPD против RFLP
Генетические маркеры используются в молекулярной биологии для идентификации генетических различий между людьми и видами. Случайная амплифицированная полиморфная ДНК (RAPD) и полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) - два важных молекулярных маркера, обычно используемых в лабораториях. RAPD выполняется с короткими и произвольными олигонуклеотидными праймерами, и он основан на случайной амплификации множества мест по всей матричной ДНК организма. ПДРФ выполняется со специфической эндонуклеазой рестрикции, и он основан на полиморфизме полученных рестрикционных фрагментов и гибридизации. Ключевое различие между RAPL и RFLP состоит в том, что RAPD - это тип метода ПЦР, выполняемый без предварительного знания последовательности, тогда как RFLP не участвует в ПЦР и требует предварительного знания последовательности для выполнения метода.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные различия
2. Что такое RAPD
3. Что такое RFLP
4. Сравнение бок о бок - RAPD и RFLP
5. Резюме
Что такое RAPD?
RAPD - полезный молекулярный маркер в молекулярной биологии. Это быстрый и простой метод. RAPD можно определить как метод, который приводит к получению полиморфных последовательностей ДНК в результате случайной амплификации нескольких участков целевой ДНК-матрицы. RAPD использует короткие олигонуклеотидные праймеры с произвольными последовательностями для ПЦР-амплификации. Праймеры синтезируются искусственно без предварительного знания последовательности. Следовательно, это считается легким и полезным методом.
Следующие основные этапы включают в себя RAPD.
- Извлечение целевой ДНК
- Амплификация множественных участков целевой ДНК с использованием случайно выбранных праймеров
- Гель-электрофорез амплифицированных продуктов ПЦР
- Окрашивание бромистым этидием и выявление полиморфизма
В результате вариации отжига праймеров во время амплификации образуются разные фрагменты разной длины. Следовательно, полосы на гелях различаются у разных людей и видов. Таким образом, RAPD позволяет обнаруживать генетические вариации среди организмов при идентификации и дифференциации.
RAPD применяется в различных исследованиях молекулярной биологии, таких как выявление генетических различий между близкородственными видами, картирование генов, снятие отпечатков ДНК, идентификация наследственных заболеваний и т. Д.
Рисунок 01: RAPD
Что такое RFLP?
Полиморфизмы длины рестрикционных фрагментов (RFLP) - это молекулярный маркер, используемый в молекулярной биологии для идентификации генетических вариаций в гомологичных последовательностях ДНК. Это первый генетический маркер, разработанный для снятия отпечатков пальцев ДНК. Все организмы производят уникальные профили ДНК при ограничении специфическими рестрикционными ферментами. ПДРФ служит важным инструментом для создания уникальных профилей ДНК людей и выявления генетических вариаций между ними. Когда образцы ДНК обрабатываются определенными эндонуклеазами рестрикции, это дает разные профили ДНК, уникальные для каждого человека. Следовательно, принципом этого метода является обнаружение генетической изменчивости среди организмов путем ограничения гомологичной ДНК специфическими рестрикционными ферментами и анализ полиморфизма длины фрагментов с помощью гель-электрофореза и блоттинга. Паттерны блоттинга уникальны для каждого организма и характеризуют определенные генотипы.
Следующие шаги связаны с RFLP.
- Выделение достаточного количества ДНК из образцов
- Фрагментация образцов ДНК специфическими эндонуклеазами рестрикции на короткую последовательность
- Разделение полученных фрагментов разной длины электрофорезом в агарозном геле.
- Перенос гелевого профиля на мембрану методом Саузерн-блоттинга
- Гибридизация мембраны с мечеными зондами и анализ полиморфизма длин фрагментов в каждом профиле
RFLP имеет различные приложения, такие как диагностика наследственных заболеваний, картирование генома, идентификация преступников в судебно-медицинских исследованиях, проверка отцовства и т.
Рисунок 02: Генотипирование RFLP
В чем разница между RAPD и RFLP?
Различать статью в середине перед таблицей
RAPD против RFLP |
|
| RAPD - это молекулярный маркер на основе случайных праймеров и ПЦР. | RFLP - это молекулярный маркер, основанный на продукции рестрикционных фрагментов различной длины. |
| Требуемый образец | |
| Для анализа RAPD достаточно небольших образцов ДНК. | Для ПДРФ-анализа требуется большое количество экстрагированного образца ДНК. |
| Время | |
| RAPD - это быстрый процесс. | RFLP - это трудоемкий процесс. |
| Использование грунтовки | |
| Используются случайные праймеры, и одни и те же праймеры могут использоваться для разных видов. | В ПДРФ для гибридизации используются видоспецифичные зонды. |
| Надежность | |
| Надежность методики меньше по сравнению с RFLP. | RFLP - надежный метод. |
| Промокание | |
| RAPD включает Саузерн-блоттинг. | Саузерн-блоттинг - это один из этапов ПДРФ. |
| Обнаружение аллельной вариации | |
| Аллельные вариации не могут быть обнаружены RAPD. | Аллельные вариации могут быть обнаружены с помощью ПДРФ. |
| Потребность в знании последовательности | |
| RAPD не требует предварительного знания последовательности. | Для проектирования зонда требуется предварительное знание последовательности. |
| ПЦР | |
| ПЦР связана с RAPD | ПЦР не связана с ПДРФ. |
| Воспроизводимость | |
| RAPD имеет низкую воспроизводимость | RFLP имеет более высокую воспроизводимость по сравнению с RAPD. |
Резюме - RAPD vs RFLP
RAPD и RFLP - важные маркеры, используемые в молекулярной биологии. Оба метода способны обнаруживать генетические вариации среди организмов. RAPD выполняется с использованием случайных праймеров. ПДРФ выполняется с использованием специфических рестрикционных ферментов. Оба метода производят профили ДНК, уникальные для отдельных организмов. RAPD включает в себя сравнительно немного шагов, чем RFLP. Но он дает менее надежные и воспроизводимые результаты, чем RFLP. В этом главное отличие RAPD от RFLP.
