Ключевое различие - бензоназа против ДНКазы
Разложение нуклеиновых кислот важно для многих методов молекулярной биологии. Он широко используется в технологии рекомбинантных ДНК для избавления от нежелательных фрагментов ДНК и РНК. Ферменты, расщепляющие нуклеиновые кислоты, называются нуклеазами, и они могут быть разных типов в зависимости от требуемой функции. Нуклеазы, разрушающие ДНК, известны как ДНКазы, тогда как те, которые разрушают РНК, известны как РНКазы. Эти ферменты в основном используются в экспериментах in vitro, где проводятся молекулярные тесты in vitro для выделения чистой ДНК, РНК или белков. Бензоназы - это тип нуклеаз, разрушающих как ДНК, так и РНК, тогда как ДНКазы разрушают только ДНК. Это ключевое различие между бензоназой и ДНКазой.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные различия
2. Что такое бензоназа
3. Что такое ДНКаза
4. Сходство между бензоназой и ДНКазой
5. Сравнение бок о бок - бензоназа и ДНКаза в табличной форме
6. Резюме
Что такое бензоназа?
Бензоназа - это генно-инженерная эндонуклеаза из Serratia marcescens. Этот фермент вырабатывается в хозяевах E. coli в промышленных масштабах. Бензоназа способна расщеплять двухцепочечную ДНК, линейную ДНК, кольцевую ДНК и одноцепочечную РНК. Таким образом, бензоназа имеет коммерческое значение. Фермент бензоназа представляет собой димер белка, который имеет 245 идентичных аминокислот, субъединиц ~ 30 кДа с двумя основными дисульфидными связями. Бензоназа расщепляет нуклеиновые кислоты на своем 5'-конце и дает фрагменты со свободными 5'-концами. Бензоназа может расщеплять нуклеиновые кислоты по любой последовательности, но предпочитает области, богатые GC.
Бензоназой хранят при -20 0 C. Оптимальное значение рН дл активности фермента оказывается 8,0 - 9,2. Применение бензоназы включает подготовку образцов для гель-электрофореза в 2D, при котором бензоназа удаляет связанные нуклеиновые кислоты и удаление загрязняющих нуклеиновых кислот из препаратов рекомбинантных белков. Он также используется для снижения вязкости белковых экстрактов и предотвращения скопления клеток в клеточной смеси.
Что такое ДНКаза?
ДНКаза - это нуклеаза, гидролитический фермент, способный расщеплять только двухцепочечную ДНК. Существует два основных типа ДНКаз: ДНКаза I и ДНКаза II. ДНКаза I участвует в расщеплении двухцепочечной ДНК с образованием полинуклеотидов с 5 'свободными концами. ДНКаза II участвует в расщеплении двухцепочечной ДНК с образованием полинуклеотидных цепей с 3 'свободными концами или выступами.
ДНКаза I
ДНКаза I функционирует при оптимальном pH от 7,0 до 8,0. Активность фермента зависит от многих ионных кофакторов, которые включают Ca 2+, Mg 2+ или Mn 2+. Активность Mg 2+ и Mn 2+ определяет функцию ДНКазы I. В присутствии Mg 2+ ДНКаза I независимо расщепляет каждую цепь дцДНК. Это происходит случайным образом. Напротив, в присутствии Mn 2+ фермент расщепляет обе цепи ДНК примерно в одном и том же месте. Это расщепление приведет к образованию двух типов фрагментов ДНК; один тип с тупыми концами, другой - с одним или двумя выступами нуклеотидов.
Рисунок 02: ДНКаза
ДНКаза II
ДНКаза II функционирует при оптимальном pH 4,5-5,0, и для ее активности требуются ионы двухвалентных металлов, аналогично ДНКазе I. Известно, что механизм ДНКазы II состоит из трех основных этапов.
- Внутри основной цепи ДНК индуцируются множественные разрывы одной нити.
- Производятся растворимые в кислоте нуклеотиды и олигонуклеотиды.
- В последней фазе происходит нелинейный гиперхромный сдвиг.
Основными ингибиторами фермента ДНКазы являются хелаторы металлов, переходные металлы и химические вещества, такие как додецилсульфат натрия и β-меркаптоэтанол.
Основные применения ДНКазы включают приготовление экстрактов РНК, свободных от ДНК, и экстрактов белков, а также удаление матричной ДНК во время экспериментов по транскрипции in vitro.
Каковы сходства между бензоназой и ДНКазой?
- Оба являются гидролитическими ферментами.
- Оба являются нуклеазами.
- Оба участвуют, расщепляя фосфодиэфирные связи нуклеиновых кислот.
- Оба требуют оптимального pH и температуры хранения для поддержания активности фермента.
- Ингибиторы ферментов включают хелатирующие агенты, переходные металлы и химические моющие средства.
- Приложения в основном сосредоточены на получении экстрактов ДНК, РНК и белков высокой чистоты.
- Оба фермента можно получить с помощью генной инженерии.
В чем разница между бензоназой и ДНКазой?
Различать статью в середине перед таблицей
Бензоназа против ДНКазы |
|
| Бензоназа - это фермент, который способен расщеплять двухцепочечную ДНК, линейную ДНК, кольцевую ДНК и РНК. | ДНКаза - это фермент, который способен расщеплять двухцепочечную ДНК. |
| Субстрат для фермента | |
| И ДНК, и РНК являются субстратами для бензоназы. | ДНК является субстратом для ДНКазы. |
| Структура | |
| Оптимальный диапазон pH для бензоназы составляет 7,0-8,0. | Оптимальный диапазон pH для ДНКазы I составляет 7,0–8,0, а для ДНКазы II - 4,5–5,0. |
Резюме - бензоназа против ДНКазы
Ферменты нуклеазы широко используются в различных экспериментальных процедурах, касающихся молекулярной биологии и генной инженерии. Бензоназа и ДНКаза - два типа нуклеаз. Бензоназа участвует в деградации как ДНК, так и РНК, тогда как ДНКаза участвует в расщеплении двухцепочечной ДНК. Это основное различие между бензоназой и ДНКазой. В настоящее время оба этих типа нуклеаз производятся с помощью технологии рекомбинантной ДНК, которая дает ферменты более высокого качества, оптимизированные для максимального производства.
Скачать PDF-версию бензоназы и ДНКазы
Вы можете загрузить PDF-версию этой статьи и использовать ее в автономных целях в соответствии с примечанием к цитированию. Пожалуйста, скачайте PDF-версию здесь. Разница между бензоназой и ДНКазой.
