Ключевое различие - зонд против праймера
Молекулярный зонд представляет собой небольшой фрагмент ДНК или РНК, который распознает комплементарные последовательности ДНК или РНК и позволяет идентифицировать целевую последовательность. Праймер - это небольшой участок ДНК или РНК, который служит отправной точкой для синтеза ДНК. Праймеры и зонды гибридизуются с комплементарными нуклеотидами матричной ДНК или целевой ДНК. Однако ключевое различие между зондом и праймером заключается в том, что праймеры необходимы для репликации ДНК, в то время как зонды необходимы для обнаружения конкретных последовательностей в образце ДНК.
СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое зонд
3. Что такое праймер
4. Сравнение бок о бок - зонд и праймер
5. Резюме
Что такое зонд?
Зонд - это небольшой фрагмент ДНК или РНК, используемый для обнаружения целевой ДНК или РНК в образце путем молекулярной гибридизации. Они также известны как молекулярные маркеры. Длина зонда может варьироваться (от 100 до 1000 оснований), а нуклеотиды зонда комплементарны части последовательности-мишени. Для простоты обнаружения зонды помечают радиоактивными изотопами, флуоресцентными красителями или антителами. Зонды связываются с комплементарными основаниями целевой последовательности и выявляют присутствие целевой ДНК или РНК в образце. Существует два основных метода маркировки зондов: маркировка концов и перевод ников. Зонды подразделяются на различные типы, включая зонды ДНК, зонды РНК, зонды cDNa и зонды синтетических олигонуклеотидов, и их получают с использованием различных методик.
Зонды являются важными инструментами во многих микробных и молекулярных областях, таких как вирусология, судебно-медицинская экспертиза, тестирование отцовства, дактилоскопия ДНК, обнаружение генетических заболеваний, RFLP, молекулярная цитогенетика, гибридизация in situ и т. Д.
Рисунок 01: Зонд с флуоресцентной меткой, используемый в FISH для обнаружения патогенов.
Что такое праймер?
Праймер - это короткий фрагмент ДНК или РНК, который служит инициатором синтеза ДНК. Фермент ДНК-полимераза добавляет нуклеотиды к 3'-ОН-группе последовательности праймера и синтезирует новую цепь, комплементарную матричной ДНК. Праймеры представляют собой очень короткие фрагменты длиной от 18 до 20 нуклеотидов. Они химически синтезированы в лаборатории для амплификации ДНК in vitro (ПЦР). Праймеры могут иметь любую последовательность нуклеотидов, поскольку они разработаны пользователем. Они синтезируются в соответствии с дополнительными основаниями матричной ДНК. Следовательно, он может иметь любую последовательность нуклеотидов. Праймеры имеют первостепенное значение для репликации ДНК, поскольку ДНК-полимераза не может синтезировать новую ДНК без уже существующего фрагмента ДНК. При разработке праймеров для ПЦР необходимо учитывать следующее:
- Праймеры должны содержать нуклеотиды, комплементарные фланкирующему концу ДНК, которая должна амплифицироваться.
- Грунтовки должны иметь температуру плавления от 55 до 65 0 C.
- Содержание G и C должно составлять от 50 до 60%.
В ПЦР используются два праймера: прямой и обратный для репликации обеих цепей ДНК образца. Праймеры обычно используются для проведения ПЦР и секвенирования ДНК.
Рисунок 02: Отжиг праймера в ПЦР
В чем разница между Probe и Primer?
Различать статью в середине перед таблицей
Зонд против праймера |
|
| Зонд - это небольшой фрагмент ДНК / РНК, используемый для обнаружения присутствия целевой последовательности в образце путем молекулярной гибридизации. | Праймер - это небольшой участок ДНК или РНК, который служит отправной точкой для репликации ДНК. |
| Функция | |
| Это обнаруживает наличие определенной последовательности в образце ДНК или РНК. | Это действует как отправная точка для синтеза ДНК. |
| Длина | |
| Длина может быть в диапазоне от 100 до 1000 баз. | Длина обычно составляет около 18-20 оснований. |
| Связывание с дополнительной последовательностью | |
| Зонд гибридизуется с комплементарными основаниями целевой последовательности. | Праймеры отжигаются с комплементарными основаниями цепей ДНК. |
| Маркировка | |
| Зонды маркируются для облегчения обнаружения | Праймеры обычно не маркируются |
| Использование в ПЦР | |
| Зонды не используются в ПЦР | Праймеры используются в ПЦР |
Резюме - зонд против праймера
Зонд - это небольшой фрагмент последовательности ДНК или РНК, который можно гибридизировать с комплементарными нуклеотидами для обнаружения целевой последовательности в образце. Зонды метят радиоактивно, иммунологически или флуоресцентно, чтобы увидеть наличие целевой последовательности. Праймер - это очень маленький фрагмент ДНК или РНК, который служит отправной точкой для амплификации ДНК in vitro. ДНК-полимераза идентифицирует праймер 3'-группы ОН и инициирует построение новой цепи, комплементарной матрице. Зонды и праймеры работают аналогично за счет гибридизации с комплементарными нуклеотидами. Таким образом, ключевое различие между зондом и праймером заключается в их основной функции.
