Ключевое различие между цианобактериями и протеобактериями невозможно вывести конкретно. Однако цианобактерии, известные как сине-зеленые водоросли, полностью фотосинтезируют, в то время как протеобактерии состоят из широкого спектра грамотрицательных организмов, из которых некоторые организмы фотосинтезируют.
Несмотря на то, что цианобактерии и протеобактерии имеют много общих характеристик, основанных на их способности к фотосинтезу, они могут отличаться друг от друга. Однако оба они являются промышленно важными организмами, а также болезнетворными организмами.