Ключевым различием между аэробными и анаэробными микроорганизмами является потребность в кислороде для выживания аэробных микроорганизмов, в то время как для анаэробных микроорганизмов это не так. То есть аэробным микроорганизмам необходим кислород в качестве конечного акцептора электронов во время аэробного дыхания, тогда как анаэробным микроорганизмам кислород не требуется для их клеточного дыхания.
Реакция на кислород является основанием для классификации микроорганизмов как аэробных и анаэробных. Из-за этого эти микроорганизмы обладают разными характеристиками для выполнения своих функций во время клеточного дыхания. Следовательно, аэробные микробы подвергаются аэробному дыханию, тогда как анаэробные микробы подвергаются анаэробному дыханию.