Ключевое различие между фотосинтезом и фотодыханием заключается в том, что фотосинтез - это процесс, с помощью которого фотоавтотрофы, в основном зеленые растения, водоросли и цианобактерии, генерируют углеводы и кислород из углекислого газа и воды, используя энергию солнечного света, в то время как фотодыхание является побочной реакцией, в которой фермент RuBisCO насыщает кислородом RuBP, что приводит к потере части энергии, производимой фотосинтезом.
Фотосинтез и фотодыхание - это два процесса, которые происходят у растений. Однако фотосинтез - важный процесс, а фотодыхание - расточительный процесс. Некоторая часть энергии и связанного углерода тратится на фотодыхание ферментом под названием RuBP оксигеназа-карбоксилаза. Таким образом, фотодыхание можно рассматривать как процесс, снижающий эффективность фотосинтеза у растений.