Ключевое различие между кодоминантностью и множественными аллелями заключается в том, что кодоминантность выражает эффекты обоих аллелей независимо, без смешения в гетерозиготном состоянии, в то время как множественные аллели относятся к состоянию признака, который имеет более двух разных аллелей.
Как правило, каждый ген имеет два разных аллеля. Один является доминантным аллелем, а другой - рецессивным. Согласно менделевскому наследованию, доминантный аллель выражает свой фенотип, подавляя рецессивный аллель в гетерозиготном состоянии. Однако некоторые гены имеют три или более разных аллеля для одного признака. Их называют множественными аллелями. Более того, кодоминантность - неменделирующая наследственность. При этом явлении потомство получает оба родительских гена в виде комбинации обоих генов. Следовательно, оба гена одинаково экспрессируются у потомства.