Ключевое различие между первой и второй системой передачи состоит в том, что первая система передачи относится к внеклеточным сигнальным молекулам, а вторая система передачи относится к внутриклеточным сигнальным молекулам.
Системы первого и второго мессенджеров состоят из различных типов сигнальных молекул. Первыми посланниками являются внеклеточные молекулы, часто гормоны или нейротрансмиттеры. Напротив, вторичные мессенджеры - это внутриклеточные молекулы, которые передают сигналы от рецепторов клеточной мембраны к мишеням внутри клетки. Процесс передачи сигналов в клетке начинается, когда сигнальная молекула (лиганд) связывается с рецептором клетки. Это связывание изменяет внутриклеточный домен рецептора, который запускает внутриклеточные сигнальные пути.