Ключевое различие между потоком энергии и круговоротом материи состоит в том, что поток энергии показывает передачу энергии от одного трофического уровня к следующему трофическому уровню в пищевых цепочках, в то время как круговорот материи показывает поток или круговорот элементов через живые и неживые части экосистем.
Энергия течет в экосистеме через пищевые цепи. Точно так же элементы проходят через разные части Земли. Солнце - источник энергии для большинства экосистем. Первичные производители превращают энергию солнечного света в углеводы. Потребители, особенно травоядные, потребляют продукты, произведенные производителями. Тогда плотоядные и всеядные животные зависят от травоядных. Точно так же энергия проходит через разные трофические уровни. В то же время материя перерабатывается разными процессами. Фактически, и энергия, и вещество перемещаются от одного организма к другому в пищевых цепях.