Ключевое различие между антигенной и фазовой вариациями состоит в том, что антигенная вариация - это механизм, который относится к экспрессии антигенно различных белков, углеводов или липидов на их поверхности, тогда как фазовая вариация - это высокочастотное обратимое включение и выключение экспрессии фенотипа.
Антигенная и фазовая изменчивость - это два типа молекулярных механизмов, используемых патогенами для предотвращения иммунных ответов хозяина. Они связаны друг с другом. Эти механизмы позволяют микробам, особенно бактериям, адаптироваться к более чем одной среде. В результате фазовой и антигенной изменчивости формируется гетерогенный фенотип клональной бактериальной популяции. В этой популяции отдельные клетки экспрессируют белки с вариабельной фазой или одну из множества антигенных форм белка. Эти варианты в основном представляют собой стратегии вирулентности, выполняемые патогенами.